1966年4月-1970年3月 地质部地震地质大队

邢台地震后，在周恩来总理关怀下，国家计委、国家科委和地质部对地震地质工作统筹安排，在李四光部长的亲自组织和推动下成立

1966年4月成立，总部河北省三河县，下设华北、西南、西北、中南四个区队

1970年3月-1972年8月 中国科学院 地震地质大队

1970.03 地质部将地震地质大队交由中国科学院领导

1970.05 华北、中南、西南、西北区队移交各省（市）地震工作部门

1972.06 迁址至北京市海淀区西三旗

1972年8月-1986年2月 国家地震局地震地质大队

1972.08 地震地质大队由国家地震局直接领导

1986年2月-1998年3月 国家地震局地壳应力研究所

1986.02 更名为国家地震局地壳应力研究所

1998年3月-2019年11月 中国地震局地壳应力研究所

1998.04 更名为中国地震局地壳应力研究所

2000～2002 科技部社会公益科研院所管理体制改革试点单位

2002～2004 科技部、财政部、中编办、中国地震局等部委科技体制改革试点单位

2019年11月-至今 应急管理部国家自然灾害防治研究院

2019.11.15   中央编办复字[2019]158号文件：同意将中国地震局地壳应力研究所划入应急管理部，更名为应急管理部国家自然灾害防治研究院

2019.12.30   应急管理部和中国科学院在京召开国家自然灾害防治研究院成立启动会，签署联合共建国家自然灾害防治研究院协议和战略合作协议，国家自然灾害防治研究院正式挂牌

2020.07.28  完成应急管理部国家自然灾害防治研究院事业单位法人变更登记